הרעיון של עין-גנים, מושב הפועלים הראשון בא"י, נתגבש בקרב הפועלים, שרצו ליישב את הפועל העברי על קרקע משלו הסמוכה למושבה שבה עבד. הקק"ל היתה מוכנה להשקיע בהקמת משקי העזר במושב, אך הפועלים התנגדו לקבל סיוע מהקרן, שלדעתם נועדה הקרן לרכוש קרקעות ולא להשקיע כספים במשקים. הוועד האודסאי של חובבי-ציון לקח מקק"ל הלוואה, קנה את האדמה ומכר חלקות ממנה לפועלים.
ב-1908 נרכשו 522 דונם מהכפר הערבי פג'ה, שהוגרלו בין 31 פועלים, לכל אחד 11 דונם. השאירו מאה דונם לשטח ציבורי. באדר ב' תרס"ח דיווח "הפועל הצעיר", שהפועלים שהתנחלו בפג'ה העניקו למושבם את השם עין-גנים [השם מופיע בספר יהושע, הדן בחלוקת הארץ]. המושב שימש כמרכז לפעילות חברתית ותרבותית של אנשי העליה-השניה. כאן התגוררו האידיאולוגים של תנועת העבודה: א"ד גורדון, ברל כצנלסון, י"ח ברנר ועוד.
בקושי השיגו רישיון מהשלטונות לחפירת הבאר והמבנה עבור המכונות. את הרישיון ניצלו חמישה חברים והקימו לעצמם בתים קטנים למגורים. כשנודע הדבר לממשלה, היא שלחה חיילים להרוס את הבתים, אך לפי החוק העות'מאני, אין להרוס מבנה עם גג, אפילו נבנה ללא רישיון.
לפי תקנון המושב אסור לעשות "ספקולציה" בקרקעות ולהתבסס רק על עבודה עצמית ובלית ברירה ע"י עבודה שכירה ורק של יהודים. בחפירת הבאר הראשונה, נאלצו לקחת קבלן ערבי, מאחר ולא נמצאו קודחי בארות יהודים. אחד החברים שכר פועלים ערבים לרצף את ביתו, משום שהפועלים היהודים דרשו יותר. בתגובה פרצו לביתו צעירים ועקרו את המרצפות, לבסוף מכר החבר את חלקתו ונעלם.
ההשקעות הכספיות היו גדולות מההערכות והמתיישבים לא יכלו לעמוד בעול הכספי. הוחלט להקטין את יחידת הקרקע לכל חבר ולהגדיל את מספר המתיישבים. גם עול העבודה הכבד היה לרועץ: כל היום עבדו כשכירים בפרדסי פ"ת ובערב, ולעתים אף בלילות לאור הירח, הם עבדו במשק שליד הבית.
ניגודים חריפים בין פ"ת למושב החדש: ה"אם" הוסיפה לחיות על עבודה שכירה, ערבית או מעורבת. ה"בת" דגלה בעבודה עצמית ועברית. לא כל הפועלים ראו בעין יפה את התבדלותה של עין-גנים מפ"ת, בעיתון "הפועל-הצעיר" נכתב ב-1911: "בני עין-גנים אינם צריכים לחשוב על התבדלות. בפ"ת יש בית ספר, רופא ומוסדות ציבור, שבני עין-גנים נהנים מהם ללא תשלום. כמעט כל בני עין-גנים עובדים בפ"ת. רק העיקרון של עבודה יהודית, מבדיל ביניהם…יבוא היום ועין-גנים תהיה פרבר של פ"ת". אכן "נבואה" זו התקיימה.
כמחצית מן המייסדים והמתיישבים הראשונים פרשו, בשנים הראשונות. בתקופת מצוקה זו, השתקע בעין-גנים א"ד גורדון, המורה הרוחני של תנועת הפועלים, שראה בעבודה ערך עליון. "הזקן", קראו לו חבריו בחיבה ובהערצה, אף כי היה רק בשנות הארבעים לחייו. דגל בעבודה גופנית וראה בה, גאולה לאדם ולעם. הוא התגורר בצריף דל, שנראה בעיניו "ארמון." מצריף זה קרנה השפעה גדולה על אנשי העלייה-השנייה. בין המבקרים היה גם ש"י עגנון, שכינה את המקימים "נאמני ארץ".
אנשי העלייה-השנייה, נהגו להתכנס במושב ולדון בדרך בניין הארץ. לאחר הדיונים יצאו במחולות. גורדון, המבוגר, רקד בדבקות והתלהבותו הדביקה אחרים. לדעתו: השירה מלכדת והריקוד בצוותא מרומם את הנפש ונותן תוכן לעבודה של מחר."
לימים היו חברים בעין-גנים שוויתרו על עבודתם כשכירים אצל הזולת והתמסרו למשקם בלבד. מושב הפועלים היה בהדרגה למושב עובדים [בו המתיישב מתמסר למשקו בלבד] ושימש מופת לבאים אחריו. ביום ה' בחשוון תר"פ (1919) התכנסה בעין-גנים האספה המייסדת של ארגון חברים להקמת מושבי עובדים, המשתתפים רצו לשאוב השראה ממושב הפועלים הראשון. על-פי הדגם של עין-גנים הוקם בתרפ"א (1921) נהלל – מושב העובדים הראשון בא"י. כך היתה עין-גנים אות ומופת ליישובים אחרים.
מלחמת העולם הראשונה [1914], פגעה בעין-גנים כמו ביישוב העברי כולו. העבודה בפרדסי פ"ת נתמעטה חברי המושב חששו מאבטלה ורעב. כמו"כ רבצו עליהם חובות כבדים. הוצא צו גיוס לכל הגברים הכשירים. עין-גנים נתרוקנה מגברים, כאלה שהתגייסו וכאלה שהתחבאו, עד יעבור זעם. כשקרב קו החזית לאזור יהודה, ניטש המושב לגמרי.
בשנות המלחמה נהרסו בתי המושב בחילופי האש הארטילרית, ומה שלא נהרס – נשדד ונחרב, וכך נתגלה מראה מחריד לעיני החברים בשובם לעין-גנים עם שוך הקרבות. כדי לשקם את משקיהם חזרו החברים להיות שכירים אצל איכרי פ"ת. בנק אפ"ק העניק לעזרת חברי המושב הלוואה קטנה.
מאמציהם של חברי עין-גנים לשקם את משקיהם מפגעי המלחמה נשאו פרי. בתרפ"ב (1922) כבר נמסר כי "עין גנים מתפתחת יפה מאוד. אין בעלי האדמה הולכים לעבוד אצל אחרים. כולם עסוקים במשקיהם. החצרות מלאות עופות וזמזום הדבורים נשמע בכל פינה, הבתים מוקפים גינות וגנים והמראה החיצוני של המושבה נעים מאוד".
עם התרחבות פ"ת, צורף עין-גנים, לתחום שיפוטה, לזכרו נותר רחוב אחד בלבד, הנושא את השם "עין-גנים".
כתב שמאי עציון